近日，细胞生态海河实验室程涛教授、高欣副教授合作在《Nucleic Acids Research》在线发布了题为“ABC portal: a single-cell database and web server for blood cells”的研究论文（细胞生态海河实验室为第一完成单位）。此研究创建了首个包含人和小鼠的血液单细胞数据库ABC portal，为深入理解血液生理和血液疾病提供了系统性的数据资源和分析工具。
血细胞/免疫细胞在人正常生理和病理状态下都具有重要的功能，单细胞技术极大地推动了血液与免疫系统的研究[1, 2]。2017年，在中国医学科学院医学与健康科技创新工程支持下，程涛教授联合国内外学者在国内率先牵头启动了血液细胞图谱（Atlas of Blood Cell, ABC）研究计划，旨在以血液系统为突破口，建立系统全面的血细胞参考目录，为血液系统及相关疾病的致病机制和精准诊疗奠定基础。五年来，研究团队取得了许多重要原创成果，大量单细胞研究的涌现为领域研究者提供了宝贵的数据资源[3, 4]。但由于原始数据需要下载整理、分析处理和缺乏细胞类型注释等原因，阻碍了这些数据资源的有效使用。因此，建立一个血细胞/免疫细胞的共享数据库，系统性收集整理、注释这些数据，并提供交互式的再分析工具，将为研究者探索和研究血液生理和血液疾病提供数据资源和高效的工具。
ABC portal 数据库 (http://abc.sklehabc.com) 是ABC研究计划的重要组成部分，共计收录了国际上公开发表的198套人和小鼠的血液/免疫相关的单细胞转录组数据集，涉及文献150篇，其中国内研究工作的贡献率占比高达11%。该数据库涵盖了血液/免疫细胞的发育、分化和疾病相关的大量数据，数据来源覆盖了骨髓、外周血、胎肝等各种造血组织。为了方便用户对数据进行探索分析，所有数据都使用人工矫正后的单细胞参考数据进行了统一注释。
ABC portal提供基于网页的交互式分析模块，提供基因表达、细胞比例、细胞相互作用和疾病相关的基因特征分析。特别是，ABC portal支持基于样本信息的个性化的样本筛选，细胞类型筛选，并对筛选后的数据进行进一步分析；支持跨数据集的比较分析。交互设计简洁易操作，分析内容多样，并且可以设置个性化参数以满足不同的数据分析目的。
总之，ABC portal为血液和免疫学研究者提供了一个对海量单细胞数据进行交互式探索和再分析的数据库，是在过去工作基础上的一个集合和共享平台的建设。
细胞生态海河实验室程涛教授、高欣副教授为该研究的共同通讯作者。高欣副教授为该研究的第一作者。
原文链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac646/6654411?login=true
参考文献：
1.Watcham,S., Kucinski,I. and Gottgens,B. (2019) New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing. Blood, 133, 1415–1426.
2.Brierley,C.K. and Mead,A.J. (2020) Single-cell sequencing in hematology. Curr Opin Oncol, 32, 139–145.
3.Xie,X., Liu,M., Zhang,Y., Wang,B., Zhu,C., Wang,C., Li,Q., Huo,Y., Guo,J., Xu,C., et al. (2021) Single-cell transcriptomic landscape of human blood cells. Natl Sci Rev, 8, nwaa180.4.Jardine,L., Webb,S., Goh,I., Quiroga Londoño,M., Reynolds,G., Mather,M., Olabi,B., Stephenson,E., Botting,R.A., Horsfall,D., et al. (2021) Blood and immune development in human fetal bone marrow and Down syndrome. Nature, 598, 327–331.
